Historia Sanktuarium Matki Bożej Królowej Polski w Szczyrku rozpoczyna się w dniu 25. lipca 1894 r., kiedy to wówczas dwunastoletniej Juliannie Pezdzie objawiła się Matka Boska. W ciągu kolejnych kilku miesięcy Rodzicielka Zbawiciela była widziana praktycznie każdego dnia, co skrzętnie zostało zanotowane w tzw. Pamiętniku stanowiącym staranną relację naocznego świadka.
Tenże dokument wraz z licznymi pismami urzędników do Konsystorza Biskupiego w Krakowie zdają się potwierdzać liczne objawienia Matki Bożej (szczególnie wyraźne były w niedziela i święta Maryjne), doznania uzdrowień oraz unoszenie się nad ziemią dziewczynek-wizjonerek.
Rozwój kultu Matki Bożej w Szczyrku rozpoczął się wraz z pierwszym objawieniem, a jego rezultatem było w miejscu objawienia wybudowanie jesienią 1894 r. pierw drewnianej kaplicy, a następnie rozpoczęcie budowy w 1912 r. murowanej, którą udało się zakończyć w latach 1920-1926.
W 1938 r. w ówczesnym pensjonacie „Orle Gniazdo” (dzisiaj Centrum Kongresów i Rekreacji Orle Gniazdo) stowarzyszenie „Gromada Szczyrk” oddało Zgromadzeniu Salezjańskiemu na własność murowaną kaplicę wraz z otaczającym je terenem.
Obecny kościół został wybudowany w latach 1948-1953, zaś 3 maja 1994 r. (w setną rocznicę szczyrkowskich objawień Maryjnych), biskup Tadeusz Rakoczy, ordynariusz diecezji Bielsko-Żywieckiej wyniósł kościół do godnośli sanktuarium lokalnego.
Obok Sanktuarium Matki Bożej Szczyrkowskiej znajduje się Grota Matki Boskiej ze źródełkiem.
